Caractéristiques et caractéristiques des groupes de transmission de l’hépatite C chez les personnes séropositives et séronégatives au cours de l’essai australien sur l’hépatite C aiguë

Contexte Les consommateurs de drogues injectables demeurent la population la plus exposée au virus de l’hépatite C, bien qu’une augmentation récente des infections sexuellement transmissibles ait été observée chez les personnes infectées par le virus de l’immunodéficience humaine. La mesure dans laquelle ces épidémies distinctes se chevauchent est inconnue. Les séquences E / HVR ont été utilisées pour construire des arbres phylogénétiques démontrant des clusters ou des paires monophylétiques, et l’histoire des épidémies virales et la phylogéographie ont été évaluées en utilisant l’analyse d’horloge moléculaire. ont été caractérisés par des caractéristiques cliniques et démographiquesRésultats La transmission par injection de drogue est survenue chez% des sujets, la transmission sexuelle étant survenue chez%% des sujets infectés par le VIH Parmi les sujets ayant des séquences E / HVR disponibles,% ont été infectés par une d’un autre sujet, comprenant des groupes homologues et des paires monophylétiques, dont la majorité étaient des groupes infectés par le VIH et qui contenaient des personnes ayant des problèmes d’injection et d’acquisition sexuelle, et dans tous les groupes, sauf les femmes non infectées par le VIH. Conclusions: Cette vaste étude unique sur des personnes infectées par le VIH et non infectées par le VIH et ayant récemment contracté une infection par le VHC montre que les grappes sont courantes dans la population infectée par le VIH et qu’elles se produisent presque invariablement chez les hommes. avoir des rapports sexuels avec des hommes, quel que soit le mode d’acquisition Ces résultats suggèrent la coexistence de drogues injectables et de comportements sexuels à risque chez les individus appartenant aux mêmes réseaux sociaux et ont des implications sur le développement de messages de santé publique.

Transmission du virus de l’hépatite C Le VHC se poursuit dans les pays développés, principalement en raison de la forte incidence d’infection au VHC chez les UDVI Malgré la propagation rapide de l’infection par le VHC, la caractérisation des modes de transmission a été difficile. est asymptomatique chez la majorité des individus infectés; parce que l’infection survient le plus souvent chez les populations très marginalisées et à risque; Cependant, l’utilisation de nouvelles méthodes épidémiologiques moléculaires, y compris l’analyse phylogénétique, pour examiner la dynamique de transmission chez les populations d’UDI a permis de mieux comprendre ces dernières années En plus de l’épidémie en cours parmi les UDI, une augmentation dramatique plus récente des cas d’infection aiguë au VHC a été rapportée parmi les populations de HSH infectées par le VIH HSH La majorité de ces nouvelles infections ont été associées à une exposition sexuelle au risque permucosal [- ], avec des cas signalés en Europe, aux États-Unis et en Australie L’analyse des facteurs de risque comportementaux associés à l’infection par le VHC par exposition permucosale chez les HARSAH infectés par le VIH a établi un certain nombre de pratiques sexuelles. En outre, une étude phylogénétique impliquant des HSH infectés par le VIH a démontré l’existence d’un important réseau européen. k de la transmission du VHC principalement permucosale L’analyse de l’horloge moléculaire a indiqué que la majorité des infections étaient d’origine récente, c’est-à-dire après l’introduction de la multithérapie antirétrovirale hautement active. De plus, si les facteurs sont essentiellement comportementaux, il est difficile de savoir si une augmentation similaire des cas «permucosaux» d’infection aiguë par le VHC a pu être observée chez les populations HSH non infectées par le VIH. la plupart sont limitées par les populations discrètes dans lesquelles elles ont été menées, et aucune n’a été en mesure d’explorer les réseaux de transmission entre les populations infectées par le VIH et séropositives au VIH par l’analyse phylogénétique. L’essai australien sur l’hépatite C aiguë ATAHC a été une étude prospective de l’histoire naturelle et du traitement des infections récentes au VHC L’objectif de cet article était d’explorer, en utilisant les caractéristiques démographiques, les données sur le comportement à risque et l’analyse phylogénétique, l’épidémiologie de l’infection à VHC récemment contractée en Australie et la preuve des réseaux de transmission. impliquant un lien entre les populations non infectées par le VIH et infectées par le VIH

Méthodes

Cette étude a été menée selon les principes énoncés dans la Déclaration d’Helsinki et la Conférence Internationale sur l’Harmonisation – Directives sur les Bonnes Pratiques Cliniques Tous les patients ont fourni un consentement éclairé écrit pour la collecte des échantillons et l’analyse subséquente

Étudier le design

ATAHC était une étude de cohorte prospective multicentrique sur l’histoire naturelle et le traitement de l’infection récente au VHC. Les paticipants avec une infection récente au VHC incluaient ceux qui répondaient aux critères d’éligibilité suivants: premier anticorps anti-VHC positif détecté ≤ mois avant l’enrôlement; soit une infection clinique aiguë au VHC, définie comme une maladie de séroconversion symptomatique ou un taux d’alanine aminotransférase & gt; fois la limite supérieure de la normale, à l’exclusion des autres causes d’hépatite aiguë, au plus tard plusieurs mois avant l’anticorps anti-VHC positif initial; Orb asymptomatique VHC avec séroconversion, définie par un résultat négatif au test d’anticorps anti-VHC dans les années précédant le résultat positif au test d’anticorps anti-VHC positif. Cette fenêtre de séroconversion plus large a été utilisée pour identifier les participants dans une vaste gamme de dates d’infection estimées. que la période définissant l’infection aiguë par le VHC et la réponse au traitement dans ce contexte n’est toujours pas claire. L’immunisation a été encouragée pour toutes les personnes qui répondaient aux critères d’admissibilité, et les participants ayant des taux d’ARN du VHC détectables au dépistage ont été évalués. Le traitement a consisté en interféron alfa pégylé pendant des semaines et en ribavirine chez des participants co-infectés par le VIH et le VHC.

Évaluation virologique du VHC

Les niveaux d’ARN du VHC ont été évalués lors du criblage avec un dosage qualitatif de l’analyse de l’ARN du VHC TMA; Versant, Bayer; limite inférieure de détection, IU / mL et, si les résultats étaient positifs, un dosage quantitatif de l’ARN du VHC Versant VHC ARN; Bayer; limite inférieure de détection, UI / mL Le génotype du VHC Versant LiPa; Bayer a été déterminé pour tous les participants à l’ARN du VHC lors du dépistage

Évaluation des risques comportementaux

Le mode de transmission le plus probable a été déterminé par le clinicien lors de l’évaluation initiale initiale. De plus, les participants ont rempli un questionnaire auto-administré pour obtenir de l’information sur divers paramètres, y compris les comportements à risque et les comportements d’injection.

Séquençage de l’ARN du VHC

L’ARN a été extrait à partir d’échantillons de sérum recueillis lors du criblage à l’aide du kit d’extraction d’ARN viral QIAmp QIAGEN La région codant pour la glycoprotéine d’enveloppe E et la région hypervariable HVR de E a été amplifiée par RT-PCR en temps réel. décrit par Pham et al

Détermination des groupes viraux

Les séquences avec% -% divergence ont été considérées comme provenant d’une source commune potentielle Ces séquences ont ensuite été évaluées pour des clusters ou des paires monophylétiques en construisant des arbres phylogénétiques en utilisant la méthode de jointure voisine avec l’algorithme p-distance Valeurs Bootstrap de & gt; indiquer des clusters ou des paires robustes

Évaluer l’histoire de l’épidémie virale

L’histoire épidémique virale a été évaluée en construisant des arbres phylogénétiques, en utilisant l’approche du maximum de vraisemblance implémentée dans BEAST, le modèle de substitution Hasegawa-Kishino-Yano et un modèle de distribution γ de l’hétérogénéité du taux HKY-site au moins × générations, échantillonnant toutes les générations Les arbres phylogénétiques ont été visualisés à l’aide du logiciel Figtree, version disponible sur http: // treebioedacuk La date de l’ancêtre récent le plus commun pour chaque cluster VHC a été estimée à l’aide d’une horloge moléculaire. le taux déduit de l’évolution des nucléotides pour les séquences E / HVR était × – limite inférieure à × – limite supérieure , avec un taux moyen de × – substitutions par site et par an Pour sélectionner le modèle d’horloge moléculaire le mieux adapté, tous Les combinaisons possibles des modèles d’horloges moléculaires relaxées et strictes ont été analysées à l’aide du logiciel Tracer, version http: // treebioeduacuk Tous les modèles qui échouent d converger ou atteindre suffisamment de taille de l’échantillon efficace de mélange de chaîne, & gt; avant × les générations ont été exclues

Phylogéographie

Une carte de dispersion virale des phylogénies séquentielles a été construite sur la base des approches rapportées en utilisant la méthode phylogénétique de Slatkin et Maddison. Premièrement, les phylogénies pour toutes les séquences ont été construites comme décrit. ci-dessus Les arbres ont été enracinés en utilisant le groupe le plus proche comme exogroupe. Chaque séquence du VHC a été étiquetée en fonction de sa localisation géographique État australien Les caractéristiques quantitatives de la matrice de migration de l’analyse phylogéographique n’ont pas été analysées dans cette étude. La dispersion et l’origine la plus plausible de l’échantillon actuel ont été analysées, comme décrit précédemment pour la propagation globale du VHC a et b BEAST, un programme standard d’analyse phylogénétique bayésienne des séquences d’ADN, a été utilisé pour générer des arbres phylogénétiques. -la taille et la « buisson » du phylo genies-ont été calculés à partir des diagrammes d’arbres La différence moyenne entre les séquences a été calculée comme AvgDL différence moyenne entre les feuilles AvgDL fournit une mesure de la taille de l’arbre de l’évolution et, ainsi, l’âge du processus évolutif

RÉSULTATS

Les caractéristiques de base des participants à l’ATAHC, stratifiées par mode d’acquisition, sont présentées dans le tableau. Dans l’ensemble, les sujets ont été inscrits, et ne sont pas retournés après le dépistage, ce qui donne une population totale de sujets

antécédents d’infection par le VIH une infection par le VIH Durée estimée de l’infection à la médiane de dépistageIQR – – – – Durée de l’infection & lt; semaines Présentation du récent HCV Symptomatique clinique aiguë ALT clinique aiguë & gt; IU / mL Seroconversion asymptomatique Maladie de séroconversion documentée du VHC Niveau de pointe des ALT, médiane IU / mL IQR – – – – Niveau d’ARN du VHC, copies log médianes / mL IQR – – – – Niveau d’ARN du VHC & gt; IU / mL VHC génotype Génotype Génotype Tertiaire Éducation ou plus grande Logement en propriété privée Emploi actuel à temps plein ou à temps partiel Jamais été en prison Traitement actuel à la méthadone ou à la buprénorphine Score de fonctionnement social & gt; Dépression actuelle Caractéristique Globalement n = Groupe d’acquisition d’UDI n = Groupe d’acquisition sexuelle n = Autre% n = Sexe masculin Âge, années moyennes ± SD ± ± ± ± Race blanche UDI au cours des mois précédents, Toute histoire d’UDI infection au VIH Durée estimée de l’infection au dépistage medianweeksIQR – – – – Durée de l’infection & lt; semaines Présentation du récent HCV Symptomatique clinique aiguë ALT clinique aiguë & gt; IU / mL Seroconversion asymptomatique Maladie de séroconversion documentée du VHC Niveau de pointe des ALT, médiane IU / mL IQR – – – – Niveau d’ARN du VHC, copies log médianes / mL IQR – – – – Niveau d’ARN du VHC & gt; IU / mL VHC génotype Génotype Génotype Tertiaire Éducation ou plus grande Logement en propriété privée Emploi actuel à temps plein ou à temps partiel Jamais été en prison Traitement actuel à la méthadone ou à la buprénorphine Score de fonctionnement social & gt; Dépression actuelle NOTE Les données ne sont pas% des sujets, sauf indication contraire ALT, alanine aminotransférase; VHC, virus de l’hépatite C; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; UDI, utilisation de drogues injectables; IQR, intervalle interquartile; SD, écart-typeSix pourcent des sujets identifiés comme ayant un IDU comme facteur de risque par le clinicien ont échoué à le divulguer dans une enquête auto-administréeVisite Cent dix-neuf sujets% avaient l’IDU comme voie d’infection la plus probable,% étaient probablement infectés sexuellement Dans les cas d’infections sexuellement acquises, les femmes non infectées par le VIH, qui avaient toutes un partenaire infecté par le VHC connu et aucun antécédent d’UDI Les hommes non infectés par le VIH, infectés par l’exposition de HSH de même sexe avec des partenaires de statut inconnu, ont été exposés par contact sexuel avec une femme infectée par le VHC. Les sujets infectés ont été exposés sexuellement à travers l’exposition des HSH Des cas avec d’autres voies d’exposition identifiées, étaient soupçonnés d’infections par des procédures médicales, ont été associés Dans les cas, l’exposition sexuelle des HSH n = ou l’IDU n = ont été divulguées par le sujet lors de la réponse à l’enquête d’évaluation des risques, mais n’ont pas été identifiées. par le clinicien sur le formulaire de rapport de cas primaireLes caractéristiques cliniques, démographiques et comportementales, stratifiées par mode d’acquisition, sont présentées dans le tableau Les personnes exposées par contact sexuel étaient plus souvent des hommes et des personnes infectées par le VIH. Les différences entre les niveaux de scolarité, l’emploi, l’expérience carcérale, le fonctionnement social et la dépression étaient généralement similaires d’un groupe à l’autre. Les participants ont été stratifiés davantage sur la base du VIH et du VIH. statut et mode d’acquisition IDU vs sexuelle tableau d’exposition Étant donné que le groupe de sujets non infectés par le VIH ayant une acquisition sexuelle ne comprenait que des cas, ce groupe a été exclu de l’analyse, laissant des groupes; le groupe UDI non infecté par le VIH n =, le groupe UDI infecté par le VIH n =, et le groupe d’acquisition sexuelle infecté par le VIH n = Les caractéristiques de ces groupes sont indiquées dans le tableau Différences marquées entre le groupe des UDI non infectés par le VIH et le VIH Le groupe d’acquisition sexuelle infecté, similaire à ceux décrits dans le tableau Indices de stabilité sociale, tels que l’enseignement supérieur, l’accession à la propriété et l’emploi, était le plus élevé pour le groupe d’acquisition sexuelle, suivi par le groupe UDI infecté par le VIH. Le score de fonctionnement social, indicateur global de stabilité sociale dans lequel des valeurs plus élevées reflètent une plus grande instabilité, a montré que% des individus non infectés par le VIH avaient des scores> comparés au% des cas IDU infectés par le VIH et% des cas d’infection VIH. cas d’acquisition sexuelle

Tableau Caractéristiques des participants Stratifiés par VIH Statut et mode d’acquisition Groupe d’acquisition de drogues injectables Groupe d’acquisition sexuelle Sujets infectés par le VIH n = sujets infectés par le VIH n = patients infectés par le VIH n = sexe masculin Âge, moyenne ± SD Race blanche HSH comme groupe à risque pour l’acquisition du VIH NA Enseignement supérieur ou supérieur Oui Non Caractéristiques cliniques Durée estimée de l’infection lors du dépistage, semaines Médiane IQR – – – & lt; semaines Présentation de l’infection récente au VHC Aiguë clinique symptomatique Aiguë niveau clinique ALT, & gt; Seroconversion asymptomatique UI / mL Maladie de séroconversion documentée du VHC Niveau maximal d’ALT avant l’inscription Niveau médian, IQ / mL IQR – – – & gt; IU / L, n% ARN du VHC Log ARN du VHC, IQR médian – – – & gt ;, UI / mL, n% Caractéristiques démographiques Logement en propriété privée Emploi actuel à temps plein ou partiel Toute histoire d’emprisonnement Traitement actuel à la méthadone ou à la buprénorphine Score de fonctionnement social, & gt; Dépression actuelle Toute histoire d’UDI IDU au cours des mois précédents Groupe d’acquisition d’UDI Groupe d’acquisition sexuelle Sujets infectés par le VIH n = sujets infectés par le VIH n = patients infectés par le VIH n = sexe masculin Âge, années moyennes ± SD race blanche MSM comme groupe à risque Acquisition du VIH NA Enseignement tertiaire ou supérieur Oui Non Caractéristiques cliniques Durée estimée de l’infection au dépistage, semaines Médiane IQR – – – & lt; semaines Présentation de l’infection récente au VHC Aiguë clinique symptomatique Aiguë niveau clinique ALT, & gt; Seroconversion asymptomatique UI / mL Maladie de séroconversion documentée du VHC Niveau maximal d’ALT avant l’inscription Niveau médian, IQ / mL IQR – – – & gt; IU / L, n% ARN du VHC Log ARN du VHC, IQR médian – – – & gt ;, UI / mL, n% Caractéristiques démographiques Logement en propriété privée Emploi actuel à temps plein ou partiel Toute histoire d’emprisonnement Traitement actuel à la méthadone ou à la buprénorphine Score de fonctionnement social, & gt; Dépression actuelle N’importe quelle histoire de UDI UDI au cours des mois précédents NOTE Les données ne sont pas% de sujets, sauf indication contraire ALT, alanine aminotransférase; VHC, virus de l’hépatite C; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; UDI, utilisation de drogues injectables; IQR, intervalle interquartile; HSH, hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes; NA, non applicable; SD, écart-typeView Large

Analyse phylogénétique

Un arbre phylogénétique a été construit en utilisant des séquences E / HVR provenant d’échantillons de criblage et de cas de réinfection. Figure A Des échantillons provenant de sujets enrôlés, des séquences n’ont pas pu être obtenues pour des échantillons de sérigraphie% en raison de difficultés techniques. niveau ou absence de charge de virémie, & lt; IU / mL La majorité des génotypes étaient un [%] et un [%], avec un plus petit nombre de b, a / b et une des séquences soumises à des analyses phylogénétiques, provenant de sujets non infectés par le VIH et provenant de les sujets infectés, représentant% et% de chaque groupe, respectivement, l’analyse phylogénétique utilisant une valeur bootstrap de & gt;% des groupes identifiés et des paires homologues de virus, contenant un total de virus% du total séquencé de ces virus. sujets infectés% de sujets infectés par le VIH séquencés et provenant de sujets non infectés par le VIH% de sujets non infectés par le VIH séquencés; P & lt; La grande majorité de ces virus étaient en génotype a grappes et impliquaient à la fois des n = n = acquis et des cas sexuellement acquis. Les détails des sujets tombant dans les grappes et les paires par statut VIH et mode d’acquisition sont donnés dans les grappes infectées par le VIH. Des grappes de grappes identifiées et contenant à la fois des individus infectés par le VIH et non infectés par le VIH Cluster contenait des patients non infectés par le VIH qui avaient contracté l’infection par le VHC par le biais d’UDI, dont un était infecté par le VIH. sujet non infecté identifié comme étant la voie de transmission la plus probable et sujet infecté par le VIH et réinfesté par le VHC après exposition sexuelle Chez les UDI infectés par le VIH en grappes regroupés avec un HARSAH non infecté par le VIH et infecté par exposition sexuelle Bien que ces grappes contiennent participants ayant un statut VIH différent, une exploration plus approfondie a révélé que les deux sujets infectés par le VIH s dans le groupe ont identifié leur orientation sexuelle comme HSH, tout comme les sujets dans un groupe -nous, le sujet non infecté par le VIH avec une infection à VHC acquise par UDI et le sujet non infecté par le VIH qui a contracté une infection par le VHC par une autre voie. mode le plus probable d’acquisition du VHC et de statut VIH, tous les sujets inclus dans les clusters ou les paires dans cette analyse étaient des HSH à l’exception de la paire d’UDI non infectés par le VIH.

Tableau Caractéristiques cliniques et démographiques des sujets de regroupement Sujet Groupe / couple Centre Sexe GT Infection par le VIH Mode d’acquisition MRCA État d’origine A N.-É. Homme a Non UDV VIC B NSW Mâle a Oui UDI C VIC Mâle a Non Autre D VIC Femelle a Non U ID E E VIC Féminin a Non IDU F NSW Mâle a Oui UDI SA G NSW Mâle a Oui UDI H NSW Mâle a Non Sexuel I NSW Mâle a Oui Sexuel NSW J VIC Mâle a Oui IDU K VIC Mâle a Oui IDU L VIC Mâle a Oui Sexuel M NSW Mâle a Oui IDU QLD N NSW Mâle a Oui IDU O NSW Mâle a Oui IDU P NSW Mâle a Oui IDU Q NSW Mâle a Oui Sexuelle R NSW Mâle a Oui IDU S NSW Mâle a Oui IDU T VIC Mâle a Oui IDU NSW U VIC Mâle a Oui Sexuel V VIC Mâle a Oui Sexuel NSW W VIC Mâle a Oui Sujet sexuel Cluster / pair Centre Sexe GT H Infection IV Mode d’acquisition MRCA État d’origine A NSW Homme a Non IDU VIC B NSW Mâle a Oui IDU C VIC Mâle a Non Autre D VIC Femelle a Non IDU SA E VIC Femelle a Non IDU F NSW Mâle a Oui UDI SA G NSW Masculin a Oui UDI H NSW Mâle a Non Sexuel I NSW Mâle a Oui Sexuel NSW J VIC Mâle a Oui IDU K VIC Mâle a Oui IDU L VIC Mâle a Oui Sexuel M NSW Mâle a Oui IDU QLD N NSW Mâle a Oui IDU O NSW Masculin a Oui UDI P NSW Masculin a Oui UDI Q NSW Masculin a Oui Sexuel R NSW Masculin a Oui IDU S NSW Masculin a Oui IDU T VIC Masculin a Oui IDU NSW U VIC Masculin a Oui Sexuel V VIC Masculin a Oui Sexuel NSW W VIC Masculin a Oui NOTE Sexuelle GT, génotype; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; UDI, utilisation de drogues injectables; MRCA, ancêtre commun le plus récent; NSW, Nouvelle-Galles du Sud; QLD, Queensland; SA, Australie du Sud; VIC, VictoriaView Large

Figure Vue largeDownload, Phylogenetic analyse de E / HVR- séquences bp du virus de l’hépatite C HCV ARN-patients positifs démontrant regroupement des sujets inscrits dans l’essai australien dans les grappes d’hépatite C aiguë sont numérotés – Sphères représentent la transmission sexuelle du VHC, carrés représentent drogue d’injection Les symboles remplis représentent les patients infectés par le VIH et les patients non infectés par le VIH. Les patients n = en grappes sont marqués de A à W. Les cas de réinfection par le VHC ne regroupent pas le VHC. les génotypes G, G et G sont indiqués le long des branches majeures; les séquences de sous-types de HCV de référence sont également indiquées. Les valeurs de bootstrap en pourcentage dans lesquelles les groupements principaux ont été observés parmi les réplicats sont indiquées; Valeurs uniquement & gt; Les longueurs des branches sont proportionnelles à la distance évolutive entre les séquences, et l’échelle des distances, en substitutions nucléotidiques par position, est indiquée B, Arbre phylogéographique de toutes les séquences E / HVR sur une échelle en temps réel de l’année – Situation géographique est indiqué par la couleur verte, Nouvelle-Galles du Sud; rouge, Victoria; bleu, Australie-Méridionale, SA; orange, Queensland, QLD et rose, WA, Australie-Occidentale Les points noirs représentent les événements de migration pour chaque groupe ou paire monophylétique. Tous les groupes ou paires sont ombrés et étiquetés -Figure View largeDownload slideA, analyse phylogénétique des séquences E / HVR bp du virus de l’hépatite C Les patients positifs pour l’ARN du VHC démontrant un regroupement de sujets inscrits à l’essai australien dans les groupes de l’hépatite C aiguë sont numérotés – Les sphères représentent la transmission sexuelle du VHC, les carrés représentent la transmission liée à l’injection et les diamants représentent les autres modes de transmission Les patients infectés par le VIH et les symboles non remplis représentent les patients non infectés par le VIH Les patients n = en grappes sont marqués de A à W Les cas de réinfection par le VHC ne regroupent pas les génotypes du VHC G, G et G sont indiqués le long des branches principales; les séquences de sous-types de HCV de référence sont également indiquées. Les valeurs de bootstrap en pourcentage dans lesquelles les groupements principaux ont été observés parmi les réplicats sont indiquées; Valeurs uniquement & gt; Les longueurs des branches sont proportionnelles à la distance évolutive entre les séquences, et l’échelle des distances, en substitutions nucléotidiques par position, est indiquée B, Arbre phylogéographique de toutes les séquences E / HVR sur une échelle en temps réel de l’année – Situation géographique est indiqué par la couleur verte, Nouvelle-Galles du Sud; rouge, Victoria; bleu, Australie-Méridionale, SA; orange, Queensland, QLD et rose, WA, Australie occidentale Les points noirs représentent les événements de migration pour chaque groupe ou paire monophylétique. Tous les groupes ou paires sont ombrés et étiquetés –

Analyse d’horloge moléculaire

Le degré de dispersion géographique et l’origine plausible des isolats de VHC en grappes ou en paires ont été estimés en temps réel en utilisant l’approche Markov Chain Monte Carlo pour calculer l’année de l’ancêtre récent le plus fréquent. Figure B La hiérarchie présentée dans l’arbre phylogéographique indiquait que les premiers événements de divergence sont survenus en Nouvelle-Galles du Sud, et tous les événements de migration récents pour des clusters monophylogénétiques ou des paires ont eu lieu après l’introduction du HAART. La plupart des séquences provenaient de Nouvelle-Galles du Sud et de Victoria. Nouvelle-Galles du Sud à South Australia SA Le nombre d’événements migratoires avant la formation des grappes variait de ± écart-type moyen ± En outre, nous avons examiné s’il y avait des preuves de différences de synchronisation des réseaux de transmission chez les non-infectés par le VIH. Sujets de l’ATAHC utilisant des marqueurs de la diversité des arbres évolutionnistes Les séquences de sujets utilisant le logiciel BEAST AvgDL ont été calculées pour les sujets infectés par le VIH et les sujets non infectés par le VIH Tableau L’AvgDL chez les sujets infectés par le VIH était significativement plus faible que chez les sujets non infectés par le VIH. P & lt; et génotype vs; P & lt; arbres évolutifs

Tableau Analyse des caractéristiques évolutionnaires des arbres phylogénétiques, par virus de l’immunodéficience humaine Infection par le VIH Statut Nombre de feuilles Moyenne Distance entre les feuilles AvgDL ± SD Génotype a a a VIH Statut VIH infecté ± ± VIH non infecté ± ± P- & lt; Nombre de feuilles Moyenne Distance entre les feuilles AvgDL ± SD Génotype a a a VIH Statut VIH infecté ± ± VIH non infecté ± ± P- & lt; NOTE L’analyse de variance à deux voies a été utilisée pour déterminer l’association entre l’état de l’infection par le VIH et la distance moyenne entre les feuilles. AvgDL SD, écart-typeView Large

DISCUSSION

et suggère que les réseaux sociaux existent dans des groupes de HSH infectés par le VIH qui contiennent à la fois des UDI et des non-UDI. L’utilisation de médicaments non injectables a été reconnue comme facteur de risque d’infection à VHC sexuellement acquise , et parce que nous avons démontré que les HSH infectés par le VIH sont similaires quel que soit leur statut d’UDI, il est fort probable que le mélange social des individus infectés par le VIH avec tous les types de comportements de prise de drogue se produit et alimente l’épidémie en cours. Toutes ces personnes ont été identifiées comme étant des HARSAH, bien qu’elles aient été infectées par des UDI et une autre par une exposition sexuelle inconnue mais probable. L’absence de tout UDI hétérosexuel non infecté par le VIH impliqué dans ces grappes suggère à nouveau que ces réseaux de Les transmissions du VHC sont principalement définies par l’orientation sexuelle plutôt que par le comportement à risque. En résumé, notre étude a un certain nombre des découvertes importantes pour notre connaissance actuelle de l’épidémiologie de la transmission du VHC L’IDU demeure majoritairement le mode d’infection le plus courant parmi les populations non infectées par le VIH mais moins commun que la transmission sexuelle parmi les populations infectées par le VIH. Ces résultats élargissent encore le débat sur le rôle de la transmission sexuelle et de la transmission du VHC par le VIH et les UDI dans les deux cas de VIH. Les membres du Comité directeur du Groupe d’étude sur le protocole d’étude du HCR: John Kaldor NCHECR, Gregory Dore NCHECR, Gail Matthews NCHECR, Pip Marks NCHECR, Andrew Lloyd UNSW, Institut Margaret Hellard Burnet , VIC, Université Paul Haber de Sydney, Institut Rose Ffrench Burnet, VIC, Peter White UNSW, William Rawlinson UNSW, Carolyn Day Université de Sydney, Ingrid van Beek Kirketon Road Centre, Geoff McCaughan Hôpital Royal Prince Alfred, Annie Madden Ligue australienne des utilisateurs d’injections et de drogues illicites, ACT, Kate Dolan UNSW, Hôpital Geoff Farrell Canberra, ACT, Nick Crofts Burnet Institut, CIV, William Sievert Centre médical Monash, VIC, David Baker MédecinsNCHECR ATAHC Personnel de recherche: John Kaldor, Gregory Dore, Gail Matthews, Pip Marks, Barbara Yeung, Brian Acraman, Kathy Petoumenos, Janaki Amin, Carolyn Day, Anna Doab, Jason Grebely, Therese CarrollBurnet Institut de recherche personnel: Margaret Hellard, Oanh Nguyen, Sally von BibraImmunovirologie Laboratoire Personnel de recherche: UNSW pathologie – Andrew Lloyd, Suzy Teutsch, Hui Li, Alieen Oon, Barbara CameronSEALS – William Rawlinson, Brendan Jacka, Laboratoire de l’Institut Yong PanBurnet, VIC – Rose Fench, Jacqueline Flynn, Kylie Goy Chercheurs principaux du site clinique: Gregory Dore, Hôpital St Vincent, NSW; Margaret Hellard, Hôpital Alfred, Unité des maladies infectieuses, VIC; David Shaw, Hôpital Royal Adelaide, SA; Paul Haber, Hôpital Royal Prince Alfred; Joe Sasadeusz, Hôpital royal de Melbourne, VIC; Darrell Crawford, Hôpital Princess Alexandra, QLD; Ingrid van Beek, Centre de la rue Kirketon; Nghi Phung, Hôpital de Nepean; Jacob George, Hôpital Westmead; Mark Bloch, Pratique GP de Holdsworth House; David Baker, Médecins; Brian Hughes, Hôpital John Hunter; Lindsay Mollison, Hôpital Fremantle; Stuart Roberts, Hôpital Alfred, Unité de gastroentérologie, VIC; William Sievert, Centre médical Monash, VIC; Paul Desmond, Hôpital St Vincent, VICFinancière Cette étude a été financée par le National Institutes of Health NIH; RO – Le Centre national d’épidémiologie et de recherche clinique sur le VIH est financé par le Département de la santé et du vieillissement du gouvernement australien et affilié à la Faculté de médecine de l’Université de Nouvelle-Galles du Sud Roche Pharmaceuticals a financé l’interféron pégylé cialis generique. Le JG a été soutenu par des bourses postdoctorales des Instituts de recherche en santé du Canada et le Programme national de formation en recherche au Canada sur l’hépatite C a été soutenu par un Conseil national de la recherche médicale et de la santé. Bourse de recherche MH a été soutenue par un Prix de développement de carrière du Conseil national de recherche médicale et médicale et une bourse de recherche principale de VicHealth AL et GD ont été soutenus par des bourses de praticiens du Conseil national de recherche médicale et médicale GVM a reçu des honoraires de Roche Pharmaceuticals. conseil pour Scheri ng-Plough GJD est sur le forum et le conseil consultatif des conférenciers pour Rocheand a reçu des subventions de voyage et des subventions de recherche de Roche; Il a également été consultant / conseiller pour Abott, Gilead Sciences et Janssen-Cilag et a reçu des bourses de voyage de la part de Schering-Plough. Tous les autres auteurs: no conflicts